指南圍繞15個(gè)關(guān)鍵問題，形成15條推薦意見（其中14條為“建議”，1條為“考慮”），以下為IVD從業(yè)者最應(yīng)關(guān)注的內(nèi)容：

1. 明確預(yù)期用途（推薦意見1）

實(shí)驗(yàn)室開展的mNGS檢測項(xiàng)目需有明確的臨床預(yù)期用途，包括疾病類型/癥候群、標(biāo)本類型、適用人群、檢測核酸類型（DNA/RNA）及臨床意義。

解讀：不能“為了測而測”，每項(xiàng)mNGS產(chǎn)品/方法必須有清晰的臨床定位。

2. 實(shí)驗(yàn)室分區(qū)與流向（推薦意見2）

應(yīng)設(shè)置試劑準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本制備區(qū)、文庫制備區(qū)、文庫擴(kuò)增區(qū)（如適用）、測序區(qū)，單一流向。

血液/腦脊液等無菌標(biāo)本與下呼吸道等有菌標(biāo)本的提取應(yīng)在不同區(qū)域或不同批次。

不推薦與常規(guī)PCR共用區(qū)域；如確需共用，必須按mNGS標(biāo)準(zhǔn)管理。

解讀：污染是mNGS的頭號敵人，分區(qū)和流向是硬性門檻。

3. 人員資質(zhì)（推薦意見3）

人員必須通過省級以上指定機(jī)構(gòu)組織的基因擴(kuò)增檢驗(yàn)技術(shù)培訓(xùn)，并通過內(nèi)部制度化培訓(xùn)考核。

解讀：mNGS不是普通PCR，人員能力要求更高，培訓(xùn)必須“雙保險(xiǎn)”。

4. 儀器設(shè)備（推薦意見4）

新測序儀安裝后需進(jìn)行安裝確認(rèn)，更換儀器后需用已知樣本平行檢測，結(jié)果一致方可使用。每次實(shí)驗(yàn)后必須有儀器清潔程序。

解讀：測序儀的“身份證”和“體檢報(bào)告”缺一不可。

5. 試劑、耗材、軟件、數(shù)據(jù)庫（推薦意見5）

每批次試劑必須進(jìn)行背景微生物確認(rèn)。

耗材需有控菌措施（如高壓滅菌、濾芯吸頭）。

軟件更新后必須用至少3個(gè)舊數(shù)據(jù)重新驗(yàn)證。

數(shù)據(jù)庫原則上非必要不更新；若更新，必須用至少10個(gè)舊數(shù)據(jù)驗(yàn)證，覆蓋細(xì)菌、真菌、DNA/RNA病毒、寄生蟲。

解讀：數(shù)據(jù)庫一換，結(jié)果天差地別——這是很多實(shí)驗(yàn)室忽視的“隱形炸彈”。

6. 標(biāo)準(zhǔn)化操作程序（SOPs）（推薦意見6）

應(yīng)建立與常規(guī)方法（培養(yǎng)、PCR、快速檢測、血清學(xué)）相結(jié)合的臨床檢驗(yàn)路徑，明確何時(shí)啟動(dòng)mNGS。SOPs須覆蓋分析前、中、后全流程，包括cut-off值建立。

解讀：mNGS不是“萬能替代”，而是“補(bǔ)充精裝”——先用常規(guī)，再上mNGS，這是臨床落地的最佳實(shí)踐。

7. 標(biāo)本采集、運(yùn)輸、接收、保存（推薦意見7）

必須在潔凈區(qū)域采集，使用無菌、去核酸的采集管，采集后立即密封、一次性封裝。實(shí)驗(yàn)室須建立標(biāo)本質(zhì)檢程序，不合格標(biāo)本需明確處理流程（拒收、重采或讓步檢測）。

解讀：標(biāo)本質(zhì)量決定結(jié)果質(zhì)量，很多假陰性源于采集運(yùn)輸環(huán)節(jié)的“坑”。

8. “濕實(shí)驗(yàn)”流程（推薦意見8）

須監(jiān)測核酸提取濃度、文庫濃度、測序數(shù)據(jù)量、Q30等關(guān)鍵質(zhì)量值。

解讀：不能只看最終有沒有病原體，中間每一步的“質(zhì)量值”才是可控性的體現(xiàn)。

9. “干實(shí)驗(yàn)”流程（推薦意見9）

必須建立覆蓋原始數(shù)據(jù)質(zhì)控→宿主序列過濾→物種注釋的SOPs，明確軟件版本、參數(shù)、數(shù)據(jù)庫版本及質(zhì)量值要求（如過濾后有效數(shù)據(jù)量、非宿主數(shù)據(jù)占比等）。

解讀：生信不是“黑箱”，每一步都必須可追溯、可質(zhì)控。

10. 結(jié)果判讀：陽性判斷值與背景數(shù)據(jù)庫（推薦意見10）

必須使用具有陽性判斷值（cut-off值）的mNGS方法，可通過ROC曲線建立。同時(shí)必須建立背景微生物數(shù)據(jù)庫（涵蓋試劑、環(huán)境、耗材），用于排除外源污染導(dǎo)致的假陽性。結(jié)果判讀原則：先按cut-off判陰陽，再排除背景污染，最后給出最終結(jié)果。

解讀：沒有cut-off的mNGS就是“耍流氓”；不建背景庫，假陽性滿天飛。

11. 參考物質(zhì)（推薦意見11）

臨床標(biāo)本難以大量獲得時(shí)，可使用模擬樣本（含人源核酸+病原體核酸，基質(zhì)與臨床一致）。干實(shí)驗(yàn)可采用計(jì)算機(jī)模擬數(shù)據(jù)。

解讀：參考物質(zhì)是性能確認(rèn)、質(zhì)控、室間質(zhì)評的“標(biāo)尺”，不能隨意湊合。

12. 性能確認(rèn)（推薦意見12）

對每一類病原體（DNA病毒、RNA病毒、革蘭陽性菌、革蘭陰性菌、真菌、寄生蟲）選擇代表性菌株，驗(yàn)證精密度（重復(fù)性+重現(xiàn)性）、分析靈敏度（LoD）、分析特異性、準(zhǔn)確度、交叉污染。

三種可簡化情形：

mNGS僅作為補(bǔ)充檢測；

曾做過完整性能確認(rèn)（僅修改cut-off需重做）；

陽性結(jié)果均采用另一種方法（NMPA批準(zhǔn)試劑或經(jīng)過驗(yàn)證的自建方法）確認(rèn)。

解讀：性能確認(rèn)是合規(guī)的“入場券”，但指南給出了靈活通道，避免過度“內(nèi)卷”。

13. 室內(nèi)質(zhì)量控制（推薦意見13）

陽性質(zhì)控品：每批檢測弱陽性（1.5~3倍LoD），覆蓋多類病原體。

陰性質(zhì)控品：監(jiān)測外源污染，失控需分析原因。

內(nèi)參：每個(gè)標(biāo)本加外源性內(nèi)參，監(jiān)測檢測有效性。

標(biāo)簽（UDI）：監(jiān)測交叉污染。

定期進(jìn)行擦拭實(shí)驗(yàn)（Swipe tests）監(jiān)測實(shí)驗(yàn)室表面污染。

解讀：質(zhì)控不是“做樣子”，內(nèi)參+陰陽性對照+標(biāo)簽+環(huán)境擦拭，四重防線。

14. 室間質(zhì)量評價(jià)（推薦意見14）

定期參加EQA/PT；如無，與至少兩家外部實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行比對。

解讀：閉門造車不可取，EQA是發(fā)現(xiàn)系統(tǒng)性問題的“照妖鏡”。

15. 結(jié)果報(bào)告與解釋（推薦意見15）

報(bào)告至少包含：患者信息、標(biāo)本信息、檢測信息、實(shí)驗(yàn)室信息、結(jié)果信息（病原體名稱、豐度參數(shù)如RPM、耐藥基因如適用）。不推薦常規(guī)報(bào)告測序深度等過程參數(shù)。結(jié)果解釋必須結(jié)合臨床，陰性不能排除感染，耐藥基因需謹(jǐn)慎解讀。

解讀：報(bào)告不是數(shù)據(jù)堆砌，要讓臨床醫(yī)生看得懂、用得上。

2. 強(qiáng)調(diào)污染控制與背景數(shù)據(jù)庫：首次明確提出每批次試劑背景確認(rèn)、定期擦拭實(shí)驗(yàn)、建立本地背景微生物庫，這是mNGS質(zhì)量保證的“生命線”。

3. 性能確認(rèn)給出簡化路徑：避免了“一刀切”式的過度驗(yàn)證，尤其利好開展補(bǔ)充檢測或已有完整驗(yàn)證的實(shí)驗(yàn)室。

4. 結(jié)果判讀回歸臨床：cut-off+背景庫+臨床溝通，三管齊下，減少“假陽性恐慌”和“假陰性漏診”。

※對IVD企業(yè)的影響

自動(dòng)化儀器：交叉污染驗(yàn)證（強(qiáng)陽性+陰性交叉模式，連續(xù)5批）成為標(biāo)配。

生信軟件：更新驗(yàn)證要求提高，數(shù)據(jù)庫版本管理成為監(jiān)管重點(diǎn)。

參考物質(zhì)：模擬樣本市場需求將顯著增長，特別是含人源背景、片段化cfDNA模擬血漿等。

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